Package org.jmol.api

Interface JmolAnnotationParser

    • Method Detail

      • getAtomBits

        javajs.util.BS getAtomBits​(Viewer vwr,
                                   String key,
                                   Object dssr,
                                   Map<String,​Object> cache,
                                   int type,
                                   int modelIndex,
                                   javajs.util.BS bsModel)
      • getBasePairs

        void getBasePairs​(Viewer vwr,
                          int modelIndex)
      • getHBonds

        String getHBonds​(ModelSet ms,
                         int modelIndex,
                         javajs.util.Lst<Bond> vHBonds,
                         boolean doReport)
      • getAtomicDSSRData

        void getAtomicDSSRData​(ModelSet ms,
                               int modelIndex,
                               float[] dssrData,
                               String dataType)
      • calculateDSSRStructure

        String calculateDSSRStructure​(Viewer vwr,
                                      javajs.util.BS bsAtoms)
      • getAnnotationInfo

        String getAnnotationInfo​(Viewer vwr,
                                 SV a,
                                 String match,
                                 int type,
                                 int modelIndex)
      • initializeAnnotation

        javajs.util.Lst<SV> initializeAnnotation​(SV objAnn,
                                                 int type,
                                                 int modelIndex)
      • fixAtoms

        void fixAtoms​(int modelIndex,
                      SV v,
                      javajs.util.BS bsAddedMask,
                      int type,
                      int margin)
      • setGroup1

        void setGroup1​(ModelSet ms,
                       int modelIndex)
      • getDSSRFrame

        javajs.util.P3[] getDSSRFrame​(Map<String,​Object> dssrNT)