Package org.jmol.api

Interface JmolPropertyManager

  • All Known Implementing Classes:
    PropertyManager

    public interface JmolPropertyManager
    • Method Detail

      • setViewer

        void setViewer​(Viewer vwr)
      • getDefaultPropertyParam

        String getDefaultPropertyParam​(int propertyID)
      • getPropertyNumber

        int getPropertyNumber​(String name)
      • checkPropertyParameter

        boolean checkPropertyParameter​(String name)
      • extractProperty

        Object extractProperty​(Object property,
                               Object args,
                               int pt,
                               javajs.util.Lst<Object> v2,
                               boolean isCompiled)
      • getModelFileInfo

        String getModelFileInfo​(javajs.util.BS visibleFramesBitSet)
      • getChimeInfo

        String getChimeInfo​(int tok,
                            javajs.util.BS selectionSet)
      • getModelExtract

        String getModelExtract​(javajs.util.BS atomBitSet,
                               boolean doTransform,
                               boolean isModelKit,
                               String type,
                               boolean allTrajectories)
      • getPdbAtomData

        String getPdbAtomData​(javajs.util.BS bs,
                              javajs.util.OC out,
                              boolean asPQR,
                              boolean doTransform,
                              boolean allTrajectories)
      • getPdbData

        String getPdbData​(int modelIndex,
                          String type,
                          javajs.util.BS bsA,
                          Object[] parameters,
                          javajs.util.OC oc,
                          boolean addStructure)
      • getModelCml

        String getModelCml​(javajs.util.BS bs,
                           int nAtomsMax,
                           boolean addBonds,
                           boolean doTransform,
                           boolean allTrajectories)
      • getAtomData

        String getAtomData​(String atomExpression,
                           String type,
                           boolean allTrajectories)
      • fixJMEFormalCharges

        String fixJMEFormalCharges​(javajs.util.BS bsAtoms,
                                   String s)